レギュレーションの変遷期に入った1994年、グループCカーは様々な制約を課せられていた。その中、トヨタは出場最後の機会として96C-Vをサードとトラストに託した。ポルシェは１台でも公道走行可能な車両があれば良いとするGT1規定を逆手に取り、962Cをダウアー962LMに仕立て上げル・マンにやってきた。決勝には４８台が出走。ヴェンチュリ、ブガッティ、フェラーリ。GT2ではホンダNSXが２台、IMSA GTSでは日産300ZX、マツダRX-７がグリッドについた。争いは予想通り、ポルシェとトヨタの一騎打ちとなった。ダウアーポルシェはトトラブルを起こし日付が変わる頃にはトヨタのワンツーと変わった。その後トラストはトランスミッションを壊し脱落。しかし変わってトップに立ったサードは快走を続け、 トヨタのル・マン初制覇は確実と思われた。残り３８分、思いもよらなかったシフトリンケージのトラブルが発生。ロスタイム18分、ダウアーポルシェにその座を奪われ、夢の実現はまたしても叶わなかった。

グループCカーは出場出来なくなり、主流はGTカテゴリーのマシン。プロトタイプのWSCクラスとの覇権争いと変わった。WSCにはロータリーのグッズ・マツダDG－３。LMGT1には日本からホンダNSX、日産スカイラインGT－R、トヨタスープラが戦いに挑んだ。スタートから１時間して雨が降り出す。フェラーリ333SPなどオープンボディの車両は後退を余儀なくされた。そして雨は17時間に渡り降り続いた。パワーアドバンテージを失ったWSCカーに代わり主役に躍り出たのは、BPRグローバルGTシリーズで圧倒的な強さを見せていたマクラーレン・F１ GTRだった。J.J.レート、ヤニック・ダルマス、そして日本人、関谷正徳の駆る59号車は、クラージュ・ポルシェとの 激闘を制し栄光を手にした。マツダDG3は７位。そして高橋国光/土屋圭一/飯田章、 チーム国光のホンダNSXは８位でクラス優勝を果たした。

マクラーレンF1 GTRの連覇なるか？ そこに立ちはだかったのはル・マン最強を誇示するポルシェだった。マクラーレンを打ち砕くべく開発されたワークスカー、９１１GT1。そしてクレマー、クラージュ、ヨーストがプロトタイプで参戦した。日本からは日産がスカイラインGT-R LM、トヨタはスープラLMがエントリー、ホンダはチーム国光が GT２クラス連覇に挑んだ。ステアリングを握ったのは全て日本人ドライバーだった。決勝はヨーストのTWRポルシェと９１１GT1が先行。マクラーレンは、その後方のポジションとなった。夜に入ってもポルシェの強さは変わらない。ヨーストがトップ、２位に９１１GT１。マクラーレンは追いつくことは出来なかった。ジョーンズ／ロイター／ブルツのヨーストTWRポルシェはミス無くトップを守り通した。シュトゥック／ブーツェン／ウォレックとベテランをそろえた911 GT1は １ラップ届かず２位フィニッシュとなった。日本勢は日産の２３号車の15位が最上位だった。

ポルシェとマクラーレンの争いの中、新たに名乗りを上げたのは日産だった。TWRと組み、3.5リッターV8ターボのR390GT1を作り上げ、悲願のル・マン制覇に挑んだ。決勝は、やはりヨーストポルシェと911GT1が先行。 日産も続き、その後ろにマクラーレンが続いた。期待された日産は遅れ始めるが、ポルシェ同士の戦いは続いた。翌朝、25号車911GT１がリタイア、変わってトップに立った26号車はコース上で炎上、 ワークスポルシェにとって残酷な結果が待っていた。更に４位を走っていた関谷の乗ったマクラーレンも炎上リタイア。結果、ヨーストのTWRポルシェが２年連続でル・マンを制覇することとなった。期待の日産は１２位が最上位、悔しい初陣となった。

1998年、劇的な変化を遂げ、真のGT1の時代が訪れた。ルマンにはポルシェ、マクラーレン、日産に加え、メルセデスがCLK-LM、BMWがV12LM、そしてトヨタがGT-ONE TS020を引っさげてル・マンに現れた。さらにアメリカからフォードV８をフロントに搭載するパノスもその争いに名乗りを上げた。決勝スタートでは日産がトップに立つダッシュを見せたが、メルセデスが直ぐにその座を奪い返す。しかし、２時間を経過する頃には２台のメルセデスは姿を消し、トヨタがレースを引っ張っり、 ポルシェ、日産が続く。深夜を迎え、トヨタがピット作業に手間取り、ポルシェGT1がトップ。そして雨が降り出す。日産はクラッシュから後退。残り４時間、トヨタが猛然と追い上げ、ポルシェとの息の詰まる接戦が始まる。なんとトヨタがスローダウン、アルナージュで止まった。ポルシェはワンツーフィニッシュ。３位に日産。トヨタは日本人トリオの８位という結果となった

前年以上のワークスがル・マンに集った。連覇を狙うポルシェ、雪辱を期すメルセデス、BMW。さらにドイツからアウディも新規参戦して来た。無念の1年を過ごしたトヨタは３台体勢。日産はオープンカーのR391を投入して、悲願達成を目論んだ。決勝はBMW、トヨタ、メルセデスが上位を占め進む。スタートから5時間、最高速に達していたメルセデスが宙を舞った。 ドライバーの命に別状は無かったが、これでチームは撤退を決めた。続いてトヨタの２台がクラッシュから姿を消す事態となり、残った日本人トリオが BMW２台に続く３位についた。日曜の昼にはトップだったBMWもクラッシュに見舞われた。最後に残ったBMWとトヨタの一騎打ち。しかし午後３時過ぎ、片山右京のドライブするTS020はタイヤがバースト。またしてもトヨタは手にかけた栄光が滑り落ちていった。